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1、物理学是一级学科。理论物理是二级学科。物理学的二级学科有理论物理、凝聚态物理、粒子物理和原子核物理、光学、声学、原子分子物理、等离子体物理、无线电物理八个。应用物理是一种综合的表述，并不是物理学的一个门类。应用物理专业一般不仅仅学习物理基础课，还会开设电子、机械、控制等相关课程，该专业的学生不仅有比较扎实的理学功底，对工学也会有一定的了解。应用物理的范围是比较广的，一般与凝聚态物理、光学、无线电物理等二级学科的关系比较紧密。
2、由于应用物理不是一个严格的学科，所以没有确切的比较数据。一般来说，中科大和北大比较偏理论，应用方面还是清华和南大比较重视。但是单从物理学科来说，北大无疑是最强的。建议你先了解一下这几个二级学科，看看自己的兴趣点在哪里，然后再选择学校。
3、除了物理系招牌的五大基础和四大力学，还会根据方向开设一些二级学科的课。另外，应用物理比较强势的就是会有诸如电子、机械、控制等工科的专业基础课。以后如果想做理论，完全可以转向纯物理，想做工科的话，也可以涉足跟一些二级学科相关的工科领域。比如对凝聚态物理有兴趣，完全可以转到材料物理与化学方向，对无线电有兴趣，可以转向电子信息工程专业。
不知道能不能完全回答你的问题，如果有什么疑问的话可以继续交流。
补充：专业和学科还是有一点差别的。应用物理作为一个专业，不仅涵盖了物理学的基础知识结构，还包括其他的一些学科。所以说它不是物理学的一个学科。不知道楼主的实际情况是怎样，如果是要选择大学的专业的话，物理学和应用物理学还是有很大差别的。如果你对物理很感兴趣，以后想要从事科研的话，那还是选物理学得好。应用物理有点不伦不类。如果你想毕业后找工作，应用物理会好一点，不过比工科还是差一些，许多同学都选择了转到工科去读研。有了物理的基础，转了工科还是比较好上手的。
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