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同种分子化学性质相同的原因如果是由分子构成的物质，分子是保持物质化学性质的最小微粒。所以不同的分子，化学性质就不一样。不同的物质由不同的分子构成，所以化学性质也不一样。原子是否容易发生化学反应，发生什么样的反应，和最外层电子的得失有关。比如金属最外层电子一般小于4个，容易失去电子变成阳离子。
相同物质的化学性质也可能不同。同分异构体是化学式相同，而有不同的原子排列的化合物。有些同分异构体性质相似如正丁烷和异丁烷，有些则截然不同如乙醇和甲醚，要具体情况具体分析。
分子的起源早提出比较确切的分子概念的化学家是意大利阿伏伽德罗，1811年他发表的分子学说认为：“原子是参加化学反应的最小质点，分子则是在游离状态下单质或化合物能够独立存在的最小质点。分子是由原子组成（构成）的，单质分子由相同元素的原子组成（构成），化合物分子由不同元素的原子组成（构成）。在化学变化中，不同物质的分子中各种原子进行重新结合。”
分子的内容介绍分子是物质中能够独立存在的相对稳定并保持该物质物理化学特性的最小单元。分子由原子构成，原子通过一定的作用力，以一定的次序和排列方式结合成分子。以水分子为例，将水不断分离下去，直至不破坏水的特性，这时出现的最小单元是由两个氢原子和一个氧原子构成的一个水分子（H₂O）。
一个水分子可用电解法或其他方法再分为两个氢原子和一个氧原子，但这时它的特性已和水完全不同了。有的分子只由一个原子构成，称单原子分子，如氦和氩等分子属此类，这种单原子分子既是原子又是分子。
由两个原子构成的分子称双原子分子，例如氧分子(O₂)和一氧化碳分子(CO)：一个氧分子由两个氧原子构成，为同核双原子分子；一个一氧化碳分子由一个氧原子和一个碳原子构成，为异核双原子分子。由两个以上的原子组成的分子统称多原子分子。分子中的原子数可为几个、十几个、几十个乃至成千上万个。
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